早期肺炎

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TUhjnbcbe - 2021/2/19 4:07:00
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接《新冠肺炎的诊与疗|诊断篇上》

3:实时荧光定量PCR方法学

关键词:技术普及化、成本较低、检测时长较短、供应链成熟、初筛

年2月,强生公司以28亿美元出售其高级消*产品ASP业务给Fortive公司。Fortive公司将支付包括27亿美元现金和1亿美元的保留应收款。该交易PS3.5x、EBITDA13.9x。

作为分子诊断传统方法学,实时荧光PCR是一种快速简便、成本较低,且已在临床广泛使用的感染性病原体核酸检测技术。在本次新冠肺炎疫情中的表现也相当亮眼,首批获证的试剂盒都是实时荧光PCR,第一时间辅助临床进行确诊判断。

实时荧光定量PCR仪是指在PCR反应体系中加入能够指示DNA片段扩增过程的荧光染料(SYBRGreen等)或荧光标记的特异性的探针(TaqManProbe等),在普通PCR仪设计基础上增加荧光信号激发和采集系统和计算机分析处理系统,形成了具有荧光定量PCR功能的仪器,通过对PCR过程中生的荧光信号积累实时监测整个PCR过程,再结合相应的计算机软件对所获得的荧光信号数据进行分析,计算待测样品特定DNA片段的初始浓度。

由于本次新冠肺炎疫情发生突然,且传播能力较强,短时间内需要对大量的疑似人群进行检测,优选的检测方法除了保证针对新冠病*的特异性,还要兼顾方法学的普及性、成本、操作人员等多方面因素,保障该方法能短时间快速开展。实时荧光PCR通过引入新冠病*特异性引物对待测样本中新冠病*中的一段RNA片断进行扩增并检测,具备灵敏度、特异度较高的特点。若核酸检测阳性,便能确认新冠病*的感染,这也是核酸检测成为新冠肺炎“金标准”的原因。

此外,由于qPCR技术引入国内已久,技术普及程度较高,医院已建立负责资质要求的PCR实验室,并搭建成熟的PCR技术人员,在应对新冠肺炎突发疫情时,有足够的场地、设备和人员进行检测。实操层面上,qPCR的操作较简单、耗时较短,检测时间一般2小时以内可以完成,有利于实现本次疫情中尽早诊断、尽早隔离、尽早诊疗的防疫方案。另一角度,从试剂的供给端看,国内在分子诊断领域已有诸多发展较成熟的试剂厂家,主要针对qPCR技术有成熟的研发、生产经验,才能在这么短的时间内完成研发并且保证大量试剂的供应。

1)国际代表企业介绍

赛默飞

赛默飞作为领先的分子生物学检测方案供应商,拥有完整的病*检测解决方案,包括核酸提取、荧光定量PCR、一代测序、高通量测序等。此次新冠肺炎疫情爆发,快速获批的多款新型冠状病*核酸检测试剂盒全部适配赛默飞AppliedBiosystems荧光定量PCR仪,也有部分试剂在此基础上适配了新一代的AppliedBiosystemsQuantStudio5荧光定量PCR仪。

根据近日一份报告的统计,自《新型冠状病*肺炎防控方案》发布以来,至2月29医院、疾控中心、卫健委的部分采购情况统计中,赛默飞qPCR的采购量占比第一,达到59.34%,赛默飞和QuantStudioDX2款设备的采购量最大。

2)国内相关企业介绍

国内目前研发出新冠肺炎检测试剂盒的qPCR公司不下家,但目前获得NMPA注册证的共有8家。

圣湘生物

圣湘生物是一家以自主创新基因技术为核心,集诊断试剂、仪器、第三方医学检验服务为一体的体外诊断整体解决方案提供商,搭建了荧光定量PCR、基因芯片、基因测序、移动分子诊断、生物信息等一系列分子诊断技术平台。其业务当中分子诊断业务占到70%以上,重点方向为传染病,如乙肝、艾滋等。圣湘在此前也开发了冠状病*(SARS、中东呼吸综合征等)、非洲猪瘟病*、埃博拉病*、寨卡病*、禽流感病*、登革热病*等重大疫情相关的核酸检测产品,有比较丰富的感染类疾病核酸试剂的开发经验。

在本次新冠肺炎疫情中,圣湘生物可谓收获满满,不仅1月28日获得了新型冠状病*-nCoV核酸检测试剂盒(荧光PCR法)的NMPA应急审批,3月3日该试剂盒也接连获得欧盟CE认证。此外,圣湘生物也快速递交了登陆科创板的申请,上交所对疫情防控相关企业采取了即报即受理措施,并在第一时间组织专家进行评审。

(表)国内研发新冠肺炎检测试剂盒qPCR公司

来源:浩悦资本

4:数字PCR方法学

关键词:高灵敏度、绝对定量、动态监测、弱阳性确认、无症状携带者筛查

数字PCR是一种单分子高灵敏的补充检测方法。数字PCR(digitalPCR,dPCR)的核心原理是是一种对含有核酸分子的标准反应体系进行有限稀释,使稀释后的每个反应含或不含一个或者多个拷贝的待检靶分子(DNA模板),实现每个反应为一个独立的PCR反应器,经PCR扩增后对每个独立反应进行检测,并以终点信号的有或无作为判断标准(有荧光信号的微滴判读为“1”,无荧光信号的微滴判读为“0”)。最后,根据泊松分布原理及阳性反应器的比例,利用分析软件计算待检靶分子的浓度或拷贝数,从而获得最终结果。所以,数字PCR无需对照标准样品和标准曲线,不依赖于Ct值来实现绝对定量。通过终点检测法,可以直接数出目标DNA分子的个数,实现“单分子模板扩增”的绝对定量,极大提高了检测灵敏度和准确性。国际上荧光定量PCR的龙头厂家如Bio-Rad和ThermoFisher也看到了数字PCR平台的价值,自年开始相继布局。

(图)数字PCR检验流程

来源:Bio-rad.

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